Просто я вспомнил видео с орбиты, там космонавты демонстрировали как ведет себя вода в невесомости, как бы "капля" не вибрировала, она всёравно оставалась на месте. Примерно тоже будет с электромагнитами, импульс уравновесится. Впринципе можно провести эксперимент и в обычных, земных условиях, подвесив конструкцию на  нити.

На пальцах тяжеловато объяснять. В момент включения магнитов сила взаимного притяжения уравновесится в точке отличной от барицентра, это вроде очевидно. Импульс у масс должен получиться разным, масса с более сильным магнитом вроде должна сильнее тянуть  массу с более слабым магнитом, тогда, подобрав частоту включения- выключения электромагнитов впринципе возможно добиться поступательного движения всей системы. Можно попробовать насадить на стержень свободно перемещающиеся идентичные по всем параметрам соленоидные катушки, которые будут притягиваться при подаче на обмотки напряжения. Между катушками поместить пружину, прикрепленную к обеим катушкам и попробовать подать на катушки импульс разного потенциала, если в результате система катушек сдвинется по стержню, то и в невесомости должно произойти тоже самое. Может я ниразу не прав, но мне так кажется, что решающим здесь будет именно правильно подобранная частота импульсов, при одиночном импульсе вся конструкция, повибрировав, вернется в исходную точку.

Если частота импусов будет ультразвуковой , а вместо пружины будет магнит, лучше электромагнит, можно получить вполне мобильное устройство, с достаточно плавным ходом и возможностью вариации скорости перемещения. Для дальних перелетов такое средство передвижения скорее всего не подойдет, а как каботажное вполне может быть. Основной задачей здесь является создание достаточно мощного источника энергии. В целом идея может быть вполне перспективной,  если учесть, что низкие космические температуры позволят использовать эффект сверхпроводимости в обмотках катушек.